盡管土壤淋洗技術具有長效性、易操作性和高滲透性等優點，但是也存在2個主要缺點: 一是淋洗法需要消耗大量的水來配制淋洗液；二是大量淋出液需要處理。淋出液中富含重金屬與淋洗劑的絡合物，如果沒有得到妥善處理，會對地下水存在污染風險。
 
淋出液常用的處理措施有轉移絡合、離子交換和電化學法。往Phb-EDTA淋出液中添加硫酸鐵，并且降低pH值，使鐵離子(Fe2x )置換出鉛離子(Pb4)而使Pb形成硫酸鉛沉淀，然后提高pH值分離出Fe+, EDTA 同時又能循環使用，降低成本。通過添加硫化鈉而與重金屬形成難溶性硫化物沉淀。添加硫化鈉分離EDTA淋出液中的鎘、銅和鉛，添加氫氧化鈣分離鋅，回收率高達99%。
 
此外，在場地土壤淋洗修復過程中使用的淋洗劑和修復后殘留于土壤中的淋洗劑也會對土壤環境生態系統造成潛在的風險。無機酸會直接導致土壤的酸化，并且無法回收循環使用；人工螯合劑中EDTA使用最為廣泛，但是對于植物來說，EDTA本身對其具有一定的毒害作用，并且生物降解性差，殘留在土壤中容易造成二次污染。有研究表明EDTA在施用很長一段時間后，甚至收獲植物后仍然起作用，會引起重金屬離子的下滲，污染地下水。并且，EDTA對重金屬元素的絡合作用具有非專--性，在淋洗重金屬的同時，也會將植物所必須的鈣和鎂等營養元素淋出，使土壤養分淋失量增加，從而造成營養元素的缺失，土壤肥力的下降。