微生物對重金屬污染的響應有所不同，大量的研究表明高濃度的重金屬能夠對土壤微生物產生脅迫，降低其生物量。化工場地中最多污染源就是重金屬污染了，化工場地修復設備主要是土壤淋洗設備與土壤熱脫附技術相結合來進行土壤修復。
                 
重金屬對微生物所產生的毒性大小表現為鎘>銅>鋅>鉛，同一種重金屬的毒性大小隨著土壤中有機物質含量的升高而降低。實際的重金屬污染環境多以復合污染為主，自然狀態的土壤體系中復合重金屬污染對微生物生態功能的影響尤其是在較大區域范圍內的研究仍較欠缺。
由于不同類型土壤中的微生物有所差異，同一重金屬對微生物生物量也會產生不同的影響。因此，在分析和調查實地重金屬污染土壤性狀的基礎上研究重金屬對微生物生態功能的影響是十分必要的。此外，重金屬污染對土壤酶活性的影響是十分復雜的，利用酶活性作為重金屬污染的生態學評價指標還存在一定的限制，需要結合污染環境的實際情況。
 
重金屬污染脅迫能夠影響土壤微生物的生態特性，例如，土壤微生物生物量、群落結構和多樣性、微生物活動等，但是所得的結果不盡相同，有促進作用、抑制作用或無明顯影響。這不僅與重金屬種類和濃度有關，還與土壤的理化性質(pH、含水率和質地)有關，但是這些因素與重金屬污染引起的微生物生態特征變化的定性/定量關系目前尚未得到統一的定論。目前，大部分的研究是在實驗室可控條件下進行的，結果揭示的是短期重金屬污染對土壤中微生物的影響，可以較清晰地明確單個因素所產生的影響。